W codziennej pracy administracyjnej sporo czasu zajmuje ustalanie, gdzie zapisano określoną informację i czy dostępny plik zawiera obowiązujące dane. Problem pojawia się w szczególności wówczas, gdy dokumenty są przekazywane między pracownikami, zapisywane pod różnymi nazwami albo przechowywane w kilku niezależnych miejscach. Dodatkowym utrudnieniem bywają załączniki, które po zapisaniu tracą powiązanie z wiadomością, do której pierwotnie należały.
Program do zarządzania dokumentami może porządkować takie zasoby przez przypisywanie im wspólnych oznaczeń, grupowanie według spraw oraz rejestrowanie podstawowych informacji o ich pochodzeniu. Przy ustalaniu zasad zapisu warto uwzględnić sytuacje, w których jeden dokument tyczy się kilku obszarów działalności. Na przykład, protokół odbioru może być związany zarówno z konkretnym zamówieniem, jak i z rozliczeniem finansowym. Jeśli plik zostanie przypisany jedynie do jednej kategorii, osoba pracująca nad drugim obszarem może posiadać trudności z jego znalezieniem. Rozwiązaniem bywa stosowanie dodatkowych oznaczeń albo powiązań między sprawami. Ich liczba powinna jednak pozostawać pod kontrolą, ponieważ zbyt złożony system dziedzinie może utrudnić wybór właściwego opisu. Istotne jest także postanowienie, kto odpowiada za poprawianie błędnych danych i uzupełnianie brakujących informacji.
W organizacji obiegu dokumentów bardzo ważną rolę odgrywa rozdzielenie czynności związanych z przygotowaniem, sprawdzeniem i zatwierdzeniem materiału. Nie każdy plik wymaga takiej samej sprawdzeniu. Notatka ze spotkania może służyć jedynie do użytku wewnętrznego, jednak dokument dotyczący zobowiązań inwestycyjnych może wymagać zgody przez osobę uprawnioną. Kontrolowanie dokumentami i archiwizacja powinny uwzględniać te różnice, aby procedury odpowiadały charakterowi wykonywanych zadań. W praktyce trzeba określić, co dzieje się, gdy dokument zawiera usterki, wymaga uzupełnienia albo nie zostaje zatwierdzony w wyznaczonym terminie. Przydatne jest też zachowanie informacji o tym, kto wprowadził modyfikację i na jakim etapie się ona pojawiła. Sama historia przekształceń nie zawsze rozjaśnia przyczynę korekty, dlatego w niektórych przypadkach niezbędny jest dodatkowy komentarz albo zapis wyborów. Osobnym zagadnieniem pozostaje praca na kilku wersjach jednego pliku. Jeżeli użytkownicy pobierają dokumenty na własne urządzenia i w przyszłości przesyłają je ponownie, mogą powstawać równoległe wersje, których różnice nie są w tym samym momencie widoczne. Ustalenie zasad edycji i publikowania zatwierdzonych materiałów daje możliwość ograniczyć niejasności dotyczące tego, który dokument trzeba wykorzystać w dalszych działaniach.
Przy długotrwałym przechowywaniu dokumentacji znaczenie ma sposób opisywania plików oraz możliwość odtworzenia ich kontekstu po upływie kilku lat. Program do zarządzania dokumentami i cyfrowej archiwizacji może przechowywać dane o autorze, dacie zaprojektowania, rodzaju dokumentu i powiązanej sprawie. Nie wszystkie informacje muszą być jednak dostępne od początku. Część danych może zostać uzupełniona dopiero po weryfikacji dokumentu, a niektóre materiały wymagają indywidualnego opisu ze względu na swoją tekst. Problem pojawia się szczególnie podczas przenoszenia dużych zbiorów ze starszych systemów. Nazwy plików bywają skrócone, daty zapisane w różnych formatach, a część dokumentów nie ma żadnych oznaczeń. Automatyczne przeniesienie takich zasobów może zachować ich zawartość, ale niekoniecznie zagwarantuje poprawne przypisanie do nowych kategorii. Dlatego migrację warto podzielić na etapy i sprawdzać, czy dobrane dokumenty są widoczne pod właściwymi oznaczeniami oraz czy można je otworzyć. Przy skanach dodatkowe znaczenie ma jakość obrazu i kompletność stron. Rozpoznawanie tekstu ułatwia wyszukiwanie treści, lecz niedociągnięcia odczytu mogą dotyczyć numerów, dat lub nazw własnych. W dokumentacji, w której takie detale mają znaczenie, potrzebna jest kontrola wyniku, a w razie wątpliwości też zestawienie z papierowym oryginałem.
Dokumentacja elektroniczna wymaga również określenia zasad udostępniania, przechowywania i usuwania informacji. Zakres dostępu powinien wynikać z obowiązków użytkownika, a nie jedynie z jego przynależności do określonego działu. Pracownik może potrzebować wglądu w treść umowy, ale nie musi posiadać prawa do zmiany jej zapisów ani usuwania załączników. W sytuacji danych poufnych należy prócz tego uwzględnić zasady przekazywania plików oprócz organizację i kontrolowania dostępu po zmianie zakresu zadań. Istotne jest także uwarunkowanie, jak długo poszczególne materiały powinny być przechowywane. Termin uzależniony jest od rodzaju dokumentu, obowiązujących przepisów i okoliczności związanych z daną sprawą. Nie należy zatem usuwać plików wyłącznie dlatego, że zakończono aktualne zadanie. Przed podjęciem takiej wyborów należy sprawdzić, czy dokument nie podlega dalszemu obowiązkowi przechowywania albo nie jest niezbędny do rozliczenia lub wyjaśnienia wcześniejszych ustaleń. Osobnego planu wymagają kopie zapasowe a także procedury odtwarzania danych po awarii. Trzeba sprawdzać nie tylko, czy kopie są tworzone, niemniej jednak także czy można z nich odzyskać potrzebne pliki wraz z ich opisami i powiązaniami. Przy przechowywaniu dokumentacji przez wiele lat powinno się prócz tego kontrolować sposobność odczytu wykorzystywanych formatów oraz sposób przenoszenia materiałów do kolejnych rozwiązań technicznych.
Zobacz również: program do zarządzania dokumentami.